En Mashable han recopilado más de 50 herramientas que te permitirán seguir el tráfico de tu web, desde estadísticas para RSS, ver mapas de calor, donde hacen click tus usuarios, seguimiento en intranets o emails.

Prácticamente las he probado todas, soy un adicto a las estadísticas y me gusta verlas de todas las formas posibles (solo en este blog utilizo 4 a la vez y he llegado a utilizar unas cuantas más)

A parte de las que han publicado en Mashable, añadiría 103bees y Hittail para ver el ‘long tail’ de tus keywords, eso si, si tienes más de un millón de páginas vistas te harán quitar el código (al menos eso hicieron conmigo).
Como estadísticas gratuitas  generales también añadiría AddFreeStats o ClickTale para ver el comportamiento de nuestros usuarios